Lekárska mikrobiológia - Adriana Liptáková a kolektiv

Specifikacia Lekárska mikrobiológia - Adriana Liptáková a kolektiv

ÚvodKapitola 1 Všeobecná mikrobiológiaKapitolu zostavila Adriána Liptáková 1.1 Zásady práce v mikrobiologickom laboratóriu, zásady odberu, spracovania a uchovávania materiálu pre mikrobiologickú diagnostiku 1.2 Klasifikácia baktérií 1.3 Tvar a štruktúra bakteriálnej bunkyTvar a usporiadanie bakteriálnych buniekŠtruktúra a organizácia bakteriálnej bunkyVnútrobunkové štruktúry baktériíBunková stena baktérií a štruktúry súvisiace s bunkovou stenou 1.4 Rast a metabolizmus mikroorganizmovRast a množenie baktériíBakteriálna výživaRast baktérií v organizme hostiteľa a v laboratórnych podmienkachVyužitie poznatkov o raste a metabolizme baktérií pri laboratórnej diagnostike infekčných chorôb 1.5 Genetika baktériíGenetická informáciaBakteriálny genómReplikácia DNATranskripcia a regulácia génovej expresieTransláciaHorizontálny transfer génov 1.6 Vznik a priebeh bakteriálnej infekcieZdroj infekcieCesta prenosu a brána vstupuVýsledok interakcie baktérií a človekaKlinický priebeh infekčnej chorobyVýskyt infekčných chorôb 1.7 Patogénnosť, faktory virulencie a patogenetické mechanizmy baktériíPrenos a vstup baktérií do organizmuAdhézia baktérií na povrchy hostiteľa a ich kolonizáciaUnikanie baktérií pred obrannými mechanizmami hostiteľaInvázia a poškodenie štruktúr a funkcií organizmu hostiteľa baktériamiTvorba biofilmuRegulácia tvorby faktorov virulencieVýznam štúdia faktorov virulencie pre diagnostiku, liečbu a prevenciu infekčných chorôb 1.8 Fenotypová adaptácia baktérií vo vonkajšom prostredí a v organizme človekaEnvironmentálny stres a baktérieBakteriálny biofilm a odolnosť voči antibakteriálnym látkamSubpopulácie baktérií tvoriace drobné kolónie (SCV formy)Metabolicky neaktívne perzistujúce baktérieFenotypová adaptácia a antibakteriálna terapia 1.9 Laboratórna diagnostika bakteriálnych ochorení 1.10 Antibakteriálna liečbaAntibiotiká a chemoterapeutiká s antibakteriálnym účinkomRozdelenia antibiotík podľa chemickej štruktúry a cieľového miesta zásahu v bakteriálnej bunkeRezistencia baktérií voči antibiotikám a antibakteriálnym chemoterapeutikámAntibiotiká používané v liečbe infekčných chorôbAntiseptiká a liečba infekčných chorôbĎalšie prípravky vhodné na antibakteriálnu liečbuImunomodulátory mikrobiálneho pôvodu (IMO) 1.11 Klasifikácia vírusov, štruktúra a replikáciaKlasifikácia vírusovŠtruktúra vírusovVírusová replikácia 1.12 Patogenéza vírusových infekciíInterakcia vírusu s bunkouInterakcia vírusu s organizmomObrana organizmu voči vírusovej infekciiImunopatologické javyEpidemiologické aspekty patogenézyPrežívanie vírusu v populácii a kontrola infekcie 1.13 Laboratórna diagnostika vírusových ochoreníOdber a transport biologického materiáluPriama diagnostikaNepriama diagnostikaDiagnostický algoritmusInterpretácia výsledkov laboratórnych vyšetrení 1.14 Antivírusová liečba 1.14.1 Antivirotiká pre liečbu herpetických infekcií 1.14.2 Antivirotiká pre liečbu chrípky 1.14.3 Antivirotiká pre liečbu covid-19 1.14.4 Antivirotiká na liečbu niektorých iných infekcií 1.14.5 Liečba chronických vírusových hepatitíd 1.14.6 Antivirotiká na liečbu infekcie HIV 1.15 Klasifikácia medicínsky významných parazitov, štruktúra a replikácia 1.15.1 Medicínsky významné prvoky 1.15.2 Medicínsky významné helminty 1.16 Patogenéza parazitárnych infekcií 1.17 Laboratórna diagnostika parazitárnych ochorení 1.18 Antiparazitárna liečba 1.18.1 Antiprotozoiká 1.18.2 Antihelmintiká 1.19 Úvod do mykologie, obecné vlastnosti a morfologie hub, klasifikace medicínsky významných hub 1.19.1 Obecné vlastnosti medicínsky významných hub 1.19.2 Morfologie mikromycet 1.19.3 Klasifikace medicínsky významných hub 1.20 Medicínsky význam hub a patogeneze mykotických infekcí 1.20.1 Mykobiom 1.20.2 Houby a lidská onemocnění 1.20.3 Patogeneze mykóz a faktory virulence hub 1.21 Laboratórna diagnostika mykotických ochorení 1.21.1 Odbery klinického materiálu u mykotických ochorení 1.21.2 Diagnostika mykóz 1.22 Mykotoxikózy 1.22.1 Mykotoxíny 1.22.2 Akútne primárne mykotoxikózy 1.22.3 Chronické primárne mykotoxikózy 1.22.4 Sekundárne mykotoxikózy 1.22.5 Najvýznamnejšie mykotoxíny 1.23 MykoalergiePrejavy alergie a jej liečba 1.24 Antimykotika 1.24.1 Obecná charakteristika antimykotik 1.24.2 Polyenová antimykotika 1.24.3 Azolová antimykotika 1.24.4 Echinokandiny 1.24.5 Antimetabolity 1.24.6 Antimykotika inhibující mitotické vřeténko 1.24.7 Allylaminová antimykotika 1.24.8 Další lokální antimykotika 1.24.9 Antimikrobiální terapie pneumocystózyKapitola 2 Imunitný systémKapitolu zostavil Milan BUC 2.1 Vlastnosti imunitného systému 2.1.1 Vlastnosti imunitnej odpovede 2.1.2 Morfológia imunitného systému 2.1.3 Bunky imunitného systému 2.1.4 Principiálne solubilné molekuly imunitného systému 2.1.5 HLA-komplex a povrchové molekuly leukocytov 2.1.6 Základné princípy adaptívnej imunitnej odpovede 2.2 Imunitná odpoveď na mikroorganizmy 2.2.1 Obrana proti extracelulárne parazitujúcim baktériám 2.2.2 Obrana proti intracelulárne parazitujúcim baktériám 2.2.3 Obrana proti vírusom 2.3 Aktívna a pasívna imunizácia 2.3.1 Vakcinácia 2.3.2 Vírusom podobné častice – VLP-vakcíny 2.3.3 Vektorové vakcíny 2.3.4 DNA-vakcíny 2.3.5 Vakcíny využívajúce mRNA 2.3.6 Adjuvanciá 2.3.7 Vakcinácia v detskom veku, starobe a pri imunosupresívnej liečbe 2.3.8 Pasívna imunizáciaKapitola 3 Špeciálna MIKROBIOLÓGIAŠpeciálna bakteriológiaZostavila Lívia SLOBODNÍKOVÁ 3.1 StreptococcusStreptococcus pyogenesStreptococcus agalactiaeOstatné beta-hemolytické streptokokyStreptococcus pneumoniaeViridujúce streptokokyLaboratórna diagnostika streptokokových infekcií 3.2 Enterococcus 3.3 Staphylococcus a ďalšie aeróbne a fakultatívne anaeróbne grampozitívne kokyStaphylococcus aureusKoaguláza-negatívne stafylokokyLaboratórna diagnostika chorôb stafylokokovej etiológieTerapia a prevencia chorôb stafylokokovej etiológieĎalšie aeróbne a fakultatívne anaeróbne grampozitívne koky 3.4 BacillusBacillus anthracisBacillus cereusĎalšie druhy rodu Bacillus 3.5 Listéria a ďalšie grampozitívne paličkyListeria monocytogenesErysipelothrix rhusiopathiae 3.6 Mycobacterium a príbuzné acidorezistentné baktérieRod MycobacteriumRod NocardiaRod RhodococcusOstatné slabo acidorezistentné mikroorganizmyNiektoré príbuzné neacidorezistentné aktinobaktérie 3.7 Corynebacterium a ArcanobacteriumRod CorynebacteriumArcanobacterium haemolyticum 3.8 Neisseria a príbuzné rody – Eikenella, KingellaRod NeisseriaEikenella corrodensKingella kingae 3.9 EnterobacteralesRod EscherichiaRod ShigellaRod SalmonellaRod YersiniaRod KlebsiellaRody Proteus, Morganella a ProvidentiaRody Enterobacter, Pantoea, Cronobacter, Serratia a CitrobacterRod Plesiomonas 3.10 Vibrio a AeromonasRod VibrioRod Aeromonas 3.11 Haemophilus a príbuzné rody – ActinoBacillus, Aggregatibacter, PasteurellaRod HaemophilusRod ActinobacillusRod AggregatibacterRod Pasteurella 3.12 Gramnegatívne nefermentujúce baktérieRod PseudomonasRod AcinetobacterRod MoraxellaStenotrophomonas maltophiliaRod BurkholderiaĎalšie rody gramnegatívnych nefermentujúcich paličiek 3.13 Gramnegatívne mikroaerofilné paličky – CampylobacteralesCampylobacteraceaeHelicobacteraceae 3.14 Kultivačne náročné gramnegatívne baktérieRod BordetellaRod LegionellaRod CardiobacteriumRod BartonellaRod BrucellaRod FrancisellaKultivačne náročné baktérie, vyvolávajúce ochorenia človeka po uhryznutí zvieraťom 3.15 Anaeróbne baktérieSporulujúce anaeróbne grampozitívne paličky – rod Clostridium a ClostridioidesNesporulujúce anaeróbne baktérieLaboratórna diagnostika anaeróbnych infekcií 3.16 Spirochéty – rod Treponema, Borrelia a LeptospiraRod TreponemaRod Borrelia a BorreliellaRod Leptospira 3.17 Mollicutes – Mycoplasma a Ureaplasma 3.18 Striktne intracelulárne baktérie – Rickettsia, Orientia, Coxiella, Ehrlichia a AnaplasmaRickettsia a OrientiaRod CoxiellaRody Ehrlichia a Anaplasma 3.19 Chlamydia 3.20 CyanobacteriaŠpeciálna virológiaZostavila Adriána Liptáková 3.21 Papilomavírusy a polyomavírusyPolyomavírusy 3.22 Adenovírusy 3.23 HerpesvírusyHerpes simplex vírus 1 a 2 (HSV- 1 a HSV- 2)Varicella zoster vírus (VZV)Vírus Epsteina – Barrovej (EBV) Ľudský cytomegalovírus (CMV) Ľudský herpesvírus 6 a 7 (HHV-6, HHV-7) Ľudský herpesvírus 7 Ľudský herpesvírus 8 (HHV-8) 3.24 Poxvírusy 3.25 Parvovírusy 3.26 PikornavírusyEnterovírusyRhinovírusy 3.27 Koronavírusy a norovírusyKoronavírusyNorovírusy 3.28 ParamyxovírusyParamyxoviridae 3.29 OrthomyxovírusyInfuenzavírus A 3.30 RhabdovírusyRod LyssavírusRod Vezikulovírus 3.31 Filovírusy a BornavírusyFilovírusyBornavírusy 3.32 ReovírusyOrthoreovírusRotavírusColtivírusOrbivírus 3.33 Togavírusy 3.34 Flavivírusy 3.35 Bunyavírusy a ArenavírusyBunyaviridaeArenaviridae 3.36 RetrovírusyLentivirinaeOnkovirinae 3.37 Vírusy hepatitíd 3.38 PriónyGenetická forma Creutzfeldtovej – Jakobovej chorobyNový variant Creutzfeldtovej – Jakobovej chorobyŠpeciálna parazitológiaZostavil František Ondriska 3.39 Parazitické prvoky 3.39.1 Črevné a urogenitálne prvoky 3.39.2 Tkanivové a krvné prvoky 3.40 Platyhelminthes – ploskavce 3.40.1 Trematodes – motolice 3.40.2 Cestodes – pásomnice 3.41 Nematoda – hlístovce 3.41.1 Črevné nematoda 3.41.2 Tkanivové nematoda 3.41.3 Filárie 3.42 Parazitické článkonožce (Arthropoda) 3.42.1 Roztoče – acarina 3.42.2 Hmyz – insectaŠpeciálna mykológiaZostavil Filip Růžička 3.43 Povrchové a kožní mykózy 3.43.1 Obecná charakteristika 3.43.2 Dermatofyty 3.43.3 Kožní kandidózy 3.43.4 Povrchové mykózy 3.43.5 Diagnostika a terapie kožních a povrchových mykóz 3.44 Kvasinkovité mikromycety 3.44.1 Obecná charakteristika 3.44.2 Rod Candida 3.44.3 Ostatní rody kvasinek 3.45 Rod Pneumocystis 3.46 Podkožné a hĺbkové infekcie vyvolané vláknitými hubami 3.46.1 Mukormykózy 3.46.2 Aspergilózy a iné hyalohýfomykózy 3.46.3 Feohýfomykózy 3.46.4 Mycetómy a chromoblastomykóza 3.47 Původci endemické mykóz, dimorfní mikromycety 3.47.1 Obecná charakteristika 3.47.2 Diagnostika a terapie endemických mykóz 3.47.3 Endemické mykózy a jejich původciKapitola 4 Ľudský mikrobiómKapitolu zostavila Katarína ČUROVÁ 4.1 Ľudský mikrobióm – úvod 4.2 Zloženie ľudského mikrobiómu, jeho formovanie a vplyv na zdravie človeka 4.3 Gastrointestinálny mikrobióm 4.3.1 Fyziológia gastrointestinálneho traktu vo vzťahu k mikrobiómu 4.3.2 Zloženie gastrointestinálneho mikrobiómu 4.3.3 Význam gastrointestinálneho mikrobiómu 4.3.4 Gastrointestinálny mikrobióm a ochorenia 4.4 Orálny mikrobióm 4.4.1 Fyziológia ústnej dutiny vo vzťahu k mikrobiómu 4.4.2 Zloženie orálneho mikrobiómu 4.4.3 Význam orálneho mikrobiómu 4.4.4 Orálny mikrobióm a ochorenia 4.5 Respiračný mikrobióm 4.5.1 Fyziológia dýchacích ciest vo vzťahu k mikrobiómu 4.5.2 Zloženie respiračného mikrobiómu 4.5.3 Význam respiračného mikrobiómu 4.5.4 Respiračný mikrobióm a ochorenia 4.6 Kožný mikrobióm 4.6.1 Fyziológia kože vo vzťahu k mikrobiómu 4.6.2 Zloženie kožného mikrobiómu 4.6.3 Význam kožného mikrobiómu 4.6.4 Kožný mikrobióm a ochorenia 4.7 Urinárny mikrobióm 4.7.1 Fyziológia močových ciest vo vzťahu k mikrobiómu 4.7.2 Zloženie urinárneho mikrobiómu 4.7.3 Význam urinárneho mikrobiómu 4.7.4 Urinárny mikrobióm a ochorenia 4.8 Mikrobióm reprodukčného traktu 4.8.1 Fyziológia reprodukčného traktu vo vzťahu k mikrobiómu 4.8.2 Zloženie mikrobiómu reprodukčného traktu 4.8.3 Význam mikrobiómu reprodukčného traktu 4.8.4 Mikrobióm reprodukčného traktu a ochoreniaKapitola 5 Klinická mikrobiológiaKapitolu zostavila Miroslava HORNIAČKOVÁ 5.1 Infekcie horných dýchacích ciest 5.2 Infekcie dolných dýchacích ciest 5.3 Infekcie srdcovocievneho systému a krvi 5.4 Infekcie centrálneho nervového systémuKlinické chorobyMikrobiologická laboratórna diagnostika infekcií CNS 5.5 Infekcie okaKlinické ochorenia 5.6 Infekcie rán, mäkkých tkanív a dutiny brušnejInfekcie ránŠpecifické typy infekcií ránInfekcie mäkkých tkanív 5.7 Infekcie kostí a kĺbovEpidemiológia, patogenéza a pôvodcovia infekcií kostí a kĺbov 5.8 Infekcie spôsobené anaeróbnymi baktériami 5.9 Infekcie kožeInfekcie kože spôsobené baktériamiInfekcie vlasových folikulovHlboké infekcie kože 5.10 Infekcie ohrozujúce vývoj plodu a novorodencaFyziológia a štruktúraPatogenéza a imunitaEpidemiológia 5.11 Infekcie genitálneho traktu a pohlavne prenosné ochoreniaBakteriálni pôvodcovia infekcií genitálneho traktuMykoplazmové infekcieMykotické infekcie genitálneho traktuInfekcie spôsobené vírusmi 5.12 Infekcie močových ciest 5.13 Infekcie gastrointestinálneho traktu, gastoroenteritídy, infekčná hnačkaEzofagitídaGastritídaGastroenteritída, akútna hnačkaVírusové gastroenteritídy a hnačkyBakteriálne gastroenteritídy a hnačkyParazitárne gastroenteritídy a hnačkyDyzentériaOtravy z potravín 5.14 Infekcie pečene a hepatobiliárneho systémuVírusoví pôvodcovia infekcií pečeneMykotické infekcie pečeneInfekcie pečene spôsobené parazitmiInfekcie žlčníka a žlčových ciest 5.15 Nozokomiálne infekcieKlinické choroby 5.16 Infekcie u imunosuprimovaných pacientovInfekcie u pacientov s nedostatočnou prirodzenou imunitou pôsobením fyzických faktorovInfekcie spojené so sekundárnym získaným – adaptívnym imunodeficitomDôležité oportúnne patogény 5.17 Infekcie súvisiace s biofilmom a cudzím telesomPôvodcovia infekcií spojených s tvorbou biofilmu 5.18 Infekcie zapríčinené biologickou zbraňouRozdelenie biologických zbraníBiologické agensy proti ľuďom 5.19 Princípy racionálnej antimikrobiálnej liečbyMykotické infekcieAntimykotiká 5.20 Infekcie v dutine ústnejMikrobiológia ústnej dutinyOrálny mikrobiómZubný kazInfekcia zubnej dreneInfekcie parodontuOdontogénne infekcie fasciálnych priestorovOsteomyelitída a osteonekróza čeľustíInfekcie slinných žliazOdontogénna sínusitídaZubné implantáty